Размер стеклянного сомика в аквариумах обычно не превышает 8 см. Тело рыбки вытянутое и слегка сплющенное с боков. Голова невелика и заостренная, снабжена парой длинных чувствительных усиков на верхней челюсти.
Основной особенностью этой рыбки, несомненно, является ее прозрачное тело. Чешуя, кожа и мышцы не имеют пигментации, что позволяет четко видеть скелет сомика. Единственная непрозрачная область - серебристая сумка непосредственно за головой, где располагаются внутренние органы. Такая окраска делает рыбок менее заметными в воде, что обеспечивает им защиту от хищников. При изменении освещения тело стеклянного сомика приобретает разноцветные оттенки с металлическим блеском.