Флаговый синодонтис представляет собой рыбу с коренастым, слегка вытянутым телом, которое немного сжато с боков. На спинном и боковых плавниках имеются колючки, а глаза рыбы крупные. Рот у синодонтиса расположен внизу и оборудован тремя парами усов. Характеризуется также наличием крупного жирового плавника. Окраска тела представляет собой светлый фон с серебристым отливом, украшенный крупными черными пятнами. Спинка имеет коричневатый оттенок, а брюшко светлое. Голова синодонтиса украшена мелкими черными крапинками. Особенными элементами декора рыбы являются вытянутый первый луч спинного плавника (который с возрастом может превратиться в косицу) и аккуратная лира хвоста. Половые различия заключаются в том, что самцы более яркие, стройные и мельче самок. В естественных условиях флаговый синодонтис может достигать длины до 32 см, а в аквариуме его размер может составлять от 20 до 25 см. Продолжительность жизни в неволе колеблется от 5 до 15 лет.