Колючий трионикс характеризуется округло-яйцевидным панцирем, который у самцов может достигать длины до 27,5 см, а у самок – до 54 см. Вес взрослых черепах составляет примерно 4,7 кг. Поверхность карапакса, особенно в передней части, усеяна мелкими шиповатыми бугорками, преимущественно у самцов. Окраска карапакса варьирует от коричневого или желто-коричневого до оливкового, с мелкими темными пятнышками. Вдоль края карапакса протягивается жёлтоватый канал. Пластрон обычно имеет белый или жёлтый цвет.

Конечности, голова и шея окрашены схожим образом с карапаксом. Видны контрастные жёлтые полосы, идущие от носа к глазам и вдоль боков шеи, обрамленные черным кантом. Черепахи обладают способностью получать кислород из воды, что позволяет им долго пребывать под водой.